Troger realizzò le prime opere giovanili a Cavalese (Trentino), Mezzocorona (Trentino), Caldaro (Südtirol), Klagenfurt e Gurktal (Carinzia/Austria). 

A St. Pölten e a St. Andrä an der Traisen (Bassa Austria) Troger dipinse i suoi primi grandi affreschi.

Nell’imponente abbazia di Melk  sul Danubio (Bassa Austria) decorò la chiesa, la biblioteca e il refettorio con la sua pittura ariosa e vivace.

Nel chiostro romanico e nella buia biblioteca del monastero di Zwettl (Bassa Austria) i suoi affreschi portarono luce e colore.

L’opera più organica e fruibile di Troger può essere vista nel monastero di Altenburg (Bassa Austria).

Il monastero di Seitenstetten (Bassa Austria) custodisce, oltre ai pregevoli affreschi dei soffitti, anche alcuni dei più fulgidi esempi della sua pittura a olio, come la pala dell’altare.

Per il magniloquente affresco che rappresenta la moltiplicazione dei pani dipinto nel refettorio estivo del monastero di Geras, Troger sceglie un’ambientazione ispirata al mondo montanaro tirolese.

Nel monastero benedettino di Göttweig Troger dipinse, tra le altre cose, lo splendido  affresco rappresentante “L’apoteosi di Carlo VI” sopra la scalinata imperiale.

Con le opere eseguite nel Duomo di Bressanone Paul Troger, “virtuoso pittore dal pennello famoso in tutto il mondo”, trovò la sua “conferma e consacrazione” negli anni della maturità. Dal 1750 il grandioso affresco “l´Adorazione dell’Agnello” stupisce gli osservatori con la sua superficie di 250 metri quadrati.