Die Bedeutung Trogers liegt vor allem in seinem umfangreichen und künstlerisch höchst qualitätvollem Œuvre an Fresken und Ölgemälden, die auf das gesamte Gebiet der ehemaligen österreichisch-ungarischen Monarchie verteilt sind. Eine besonders große Dichte an Troger-Werken gibt es in Niederösterreich, wo in den meisten Stiften gleich mehrere Arbeiten zu finden sind. 

In Cavalese und Mezzocorona(Trentino), in Kaltern (Südtirol), in Klagenfurt und im Gurktal (Kärnten) entstehen die ersten Jugendwerke Trogers. 
In St. Pölten und in St. Andrä an der Traisen (Niederösterreich) beginnt Paul Troger sein triumphales Schaffen in der Freskomalerei. Im hoch über der Donau aufragenden Stift Melk (Niederösterreich) schmückt Troger Kirche, Bibliothek und Refektorium mit heiteren Fresken. In den romanischen Kreuzgang und in die dunkle Bibliothek des Stiftes Zwettl (Niederösterreich) bringen Trogers Fresken viel Licht und Farbe.  Das am besten überschaubare Werk Trogers entsteht im Stift Altenburg (Niederösterreich). 
Das Stift Seitenstetten (Niederösterreich) birgt außer sehenswerten Deckenfresken auch noch eine der schönsten Ölbilder bzw. Altarblätter von Paul Troger. Im Sommerrefektorium vom Stift Geras versetzt uns Troger mit dem aussagekräftigen Fresko „Das Wunder der Brotvermehrung“ in die Tiroler Bergwelt. Im Benediktinerstift von Göttweig hat Troger u. a. das Deckenfresko über der Kaiserstiege „Die Apotheose Karls VI“ meisterlich ausgeführt.  Als der „virtuose Maler mit dem weltberuembtem Pembsel“ hat sich der reife Troger im Dom zu Brixen „bestätiget und verewiget“. Seit dem Jahre 1750 können wir neben anderen Bildfolgen das Riesenfresko „Die Anbetung des Lammes“ auf einer Fläche von über 250 qm bestaunen.